Deportācija no Daugavpils apriņķa notika pēc līdzīga scenārija kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.
Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".
Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Daugavpils apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kas izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja kompartijas Daugavpils apriņķa komitejas darbinieki un aktīvisti.
No Daugavpils apriņķa – Daugavpils, Krāslavas, Līvānu un Preiļu pilsētas, kā arī 21 pagasta – tika izsūtīti 1080 cilvēki (561 vīrietis un 519 sievietes). Daļu no šiem cilvēkiem arestēja. Kopumā no Daugavpils apriņķa deportējamajiem arestēja 370 cilvēkus (346 vīriešus un 24 sievietes). No Daugavpils apriņķī arestētajiem 357 cilvēkus ieslodzīja Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometne) Kirovas apgabalā; sešus ieslodzīja Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā; trīs ieslodzīja Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometne) Krasnojarskas novadā, bet pa vienam ieslodzīja Usoļlagā (Usoļjes labošanas darbu nometne) Molotovas apgabalā un Vorkutlagā (Vorkutas labošanas darbu nometne) Arhangeļskas apgabalā, Jamalas Ņencu autonomajā apgabalā un Komi APSR. Vēl divi cilvēki bija ieslodzīti Astrahaņas cietumā Nr. 1 Staļingradas apgabalā. 15 no šiem ieslodzītajiem 1942.–1943. gadā tika nošauti, vēl 244 cilvēki mira ieslodzījumā. No nometnēs ieslodzītajiem izdzīvoja un vēlāk tika atbrīvoti 96 cilvēki, par vēl 15 arestēto tālāko likteni dokumentāru liecību trūkst.
Lielāko daļu no izsūtītajām Daugavpils apriņķa ģimenēm nometināja Krasnojarskas novada Ačinskas, Dzeržinskas, Ilanskas, Irbeiskas, Ņižņijingašas un Tasejevas rajonā. Atsevišķas ģimenes vai cilvēkus izsūtīja arī uz Krasnojarskas novada Dudinku, Igarku, Boļšojulujas, Jarcevas, Jeņiseiskas, Kanskas, Manas, Turuhanskas, Ustjjeņisejskas un Užuras rajonu, kā arī uz Irkutskas apgabala Taišetas rajonu.
No Daugavpils apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās un ceļā nomira 87 cilvēki. Vairums cilvēku no specnometinājuma tika atbrīvoti 20. gs. 50. gadu vidū, bet par 33 no Daugavpils apriņķa izsūtīto cilvēku likteni precīzu ziņu nav.
