Deportācija no Jēkabpils apriņķa notika pēc līdzīga scenārija kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.
Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".
Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Jēkabpils apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kas izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja kompartijas Jēkabpils apriņķa komitejas darbinieki un aktīvisti.
No Jēkabpils apriņķa – Jaunjelgavas, Jēkabpils, Gostiņu, Krustpils, Pļaviņu un Viesītes pilsētas, kā arī 24 pagastiem – tika izsūtīti 535 cilvēki (262 vīrieši un 273 sievietes). Daļu no šiem cilvēkiem arestēja. Kopumā no Jēkabpils apriņķa deportējamajiem arestēja 162 cilvēkus (160 vīriešus un divas sievietes). No Jēkabpils apriņķī arestētajiem 153 cilvēkus ieslodzīja Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometne) Kirovas apgabalā; septiņus ieslodzīja Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā, bet divus ieslodzīja Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometne) Krasnojarskas novadā. 18 no šiem ieslodzītajiem 1941.–1943. gadā tika nošauti, vēl 118 cilvēki mira ieslodzījumā. No nometnēs ieslodzītajiem izdzīvoja un vēlāk tika atbrīvoti 25 cilvēki, par vēl viena arestētā cilvēka tālāko likteni dokumentāru liecību trūkst.
Lielāko daļu no izsūtītajām Jēkabpils apriņķa ģimenēm nometināja Krasnojarskas novada Berjozovskas, Bogotolas, Kozuļkas un Nazarovas rajonā. Atsevišķas ģimenes vai cilvēkus izsūtīja arī uz Krasnojarskas novada Igarkas pilsētu, Biriļusu, Boļšojulujas, Ilimpejas, Ņižņijingašas, Sovetskas, Tjuhtetas un Ustjjeņisejskas rajonu, kā arī uz Tomskas apgabala Kolpaševas rajonu.
No Jēkabpils apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās un ceļā nomira 58 cilvēki. Vairums cilvēku no specnometinājuma tika atbrīvoti 20. gs. 50. gadu vidū, bet par 15 no Jēkabpils apriņķa izsūtīto cilvēku likteni precīzu ziņu nav.
