Deportācija no Cēsu apriņķa notika tāpat kā visā Latvijas teritorijā – 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.

Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā „Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina”.

Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Cēsu apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kuras tad arī izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja Cēsu apriņķa komunistiskās (boļševiku) partijas komitejas darbinieki un aktīvisti.

No Cēsu apriņķa Cēsu pilsētas un 35 pagastiem tika arestēti un izsūtīti 524 cilvēki (294 vīrieši un 230 sievietes).
Lielākā daļa arestēto vīriešu – 103 – tika ieslodzīti Sverdlovskas apgabala Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas darbu nometnē), 54 arestētie 24. teritoriālā strēlnieku korpusa virsnieki nonāca Krasnojarskas novada Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometnē), 16 arestētie – Molotavas apgabala Usoļagā (Usoļjes labošanas darbu nometnē), septiņi – Kirovas apgabala Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometnē), viens – Sverdlovskas apgabala Vosturallagā (Austrumurālu labošanas darbu nometnē), četri – dažādos cietumos. 59 no viņiem tika nošauti, 95 – nomira.

Izsūtītās ģimenes nonāca Krasnojarskas novada Abanas, Ačinskas, Biriļusu, Boļšojulujas, Ilimpejas, Kanskas, Kazačinskas, Kozuļkas, Suhobuzinskas, Tjuhtetas, Turuhanskas rajonos. Atsevišķi cilvēki – Novosibirskas apgabala Bačkaras, Kolpaševas, Parabeļas, Pudinas un Zirjanskas rajonos. Pavisam nometinājuma vietās nomira 91 cilvēks no Cēsu apriņķa izsūtītajiem.
254 cilvēki tika atbrīvoti, bet par 25 cilvēku likteni nav precīzu ziņu.