Arhīvs 1940.-1964. gadā
Pēc Padomju okupācijas varas nodibināšanas Latvijas teritorijā arhīvu pārņēma valsts, pakļāva Iekšlietu Tautas komisariāta Arhīvu daļai un pārdēvēja par Rīgas pilsētas valsts arhīvu. Plašākus arhīva sovetizācijas pasākumus aizkavēja okupācijas varu maiņa.
No 1941. gada 20. jūlija līdz 1. novembrim vācu iestādes arhīvu slēdza. Pēc darbības atjaunošanas arhīva darbību noteica kara apstākļi. Lai vērtīgākos dokumentus pasargātu no bojāejas karadarbības rezultātā, tos jau 1942. gadā izvietoja dažādu banku seifos. 1944. gadā, aizbildinoties ar apdraudējumu frontes tuvuma dēļ, okupācijas iestādes organizēja arhīvu evakuācijas pasākumus, kuru rezultātā lielākā daļa Rīgas pilsētas arhīva senāko dokumentu, kopumā 600 kastes, nonāca Čehijas teritorijā. Dokumentus atguva 1945. un 1946. gadā, turklāt, salīdzinot, piemēram, ar Valsts arhīva dokumentiem, salīdzinoši pilnā apjomā un neskartā stāvoklī.
Pēc kara beigām turpinājās arhīva sovetizācijas pasākumi, kas visspilgtāk izpaudās pilnīgā personālsastāva nomaiņā. Šajā laikā arhīvā ieviesa padomju parauga uzskaites un uzziņu sistēmu, bet darbu kopumā pārorientēja uz jaunākā perioda dokumentiem.
Kopš 20. gs. 50. gadu vidus tika plānota tālāka Latvijas PSR arhīvu centralizācija. Tā noslēdzās 1964. gadā, kad Rīgas pilsētas valsts arhīvs beidza pastāvēt un tā dokumentus sadalīja starp jaunizveidoto Centrālo Valsts Oktobra revolūcijas un sociālistiskās celtniecības arhīvu un Centrālo Valsts vēstures arhīvu.
Neskatoties uz šiem pārveidojumiem, daļa no pilsētas arhīva senākajiem dokumentiem joprojām ir izvietoti un pieejami Palasta ielā 4, Latvijas Valsts vēstures arhīva glabātavas filiālē Rīgas vēstures un kuģniecības muzeja telpās.