Liela loma Latvijas bēgļu garīgajā aprūpē bija baznīcai. Vācijā, kur bija nokļuvuši 144 latviešu garīdznieki ar Latvijas evaņģēliski luteriskās Baznīcas (LELB) arhibīskapu Teodoru Grīnbergu priekšgalā, tika atjaunota LELB virsvaldes darbība ar mītni Eslingenā. Tās pārvalde tika iedalīta Ziemeļvācijas apgabalā (britu okupācijas zona) un Dienvidvācijas apgabalā (amerikāņu un franču okupācijas zona). Lielākajās latviešu koncentrācijas vietās izveidojās apmēram 100 luteriešu draudzes.

Vācijā bija nokļuvuši arī 33 katoļu garīdznieki, starp tiem trīs bīskapi (Jāzeps Rancāns, Boļeslavs Sloskāns un Antonijs Urbšs). Bēgļu vidū izveidojās vairāki desmiti katoļu draudžu, kuru aprūpi pārzināja Vatikāna ieceltais nacionālais delegāts monsinjors Pēteris Laurinovičs Minhenē.

18 draudzes ar apmēram 35 sludinātajiem izveidoja baptisti. Eslingenā tika atjaunota arī Latvijas Baptistu draudžu savienības darbība, to vadīja Rūdolfs Vītols.

Latvijas pareizticīgo bēgļu skaits nepārsniedza dažus tūkstošus, taču viņu priekšgalā bija Latvijas pareizticīgās Baznīcas metropolīts Augustīns, kā arī 25 garīdznieki (apmēram puse no viņiem bija krievu izcelsmes). Tika atjaunota Latvijas pareizticīgās Baznīcas sinodes darbība un izveidotas 17 draudzes. Latvijas pareizticīgā Baznīca ārzemēs atjaunoja neatkarīgās Latvijas laikā iedibināto un boļševiku okupācijas režīma pārtraukto Latvijas pareizticīgo saimes piederību Konstantinopoles ekumeniskā patriarha kanoniskajai jurisdikcijai.

	Mācītājs R. Āboliņš. 1946. gads. LVA, 2250. f., 2v. apr., 76. l., 11. lp.
	Mācītāja J. Zemīša sertifikāts. 1946. gads. LVA, 2250. f., 3v. apr., 1. l., 2., 3. lp.
	"Nedēļas apskata" redakcijai iesūtītais raksts par pareizticīgās baznīcas darbību trimdā. 1947. gada 30. decembris. LVA, 2335. f., 1. apr., 370. l., 4. lp.
	Mācītāja J. Reinsona ziņojums Latvijas Sarkanajam krustam. 1947. gada 14. maijs. LVA, 2176. f., 2v. apr., 95. l., 58. lp.
	Arhibīskaps T. Grīnbergs ierodas Kaseles DP nometnē. 1948. gada 19. jūnijs. LVA, 2335. f., 1. apr., 386. l., 15. lp.
	Mirušo latviešu un igauņu piemiņai uzceltā pieminekļa Fišbahas ciemā pie Nirnbergas iesvētīšanas lapiņa. 1950. gada 29. maijs. LVA, 2335. f., 1. apr., 372. l., 68. lp.