Pēc Padomju okupācijas VEF vadību pārņem Padomju Savienības pārstāvji un Maskavas ieceltais direktors Ādolfs Ļuļs. VEF nonāk PSRS Elektrotehniskās rūpniecības tautas komisariāta pārziņā. Pieņemšanas aktā norādīts, ka rūpnīca moderni un priekšzīmīgi iekārtota un bagātīgi apgādāta ar augsti kvalificētiem speciālistiem.
1940. un 1941. gadā, padomju varas laikā, VEF radioražošanā un sortimentā netiek veiktas būtiskas izmaiņas. Turpina ražot fotoaparātus VEF MINOX, tikai uzrakstu Made in Latvia liek noslīpēt un tā vietā iegravēt Made in USSR.
1940. gadā direktors Ādolfs Ļuļs pārtrauca visus darbus VEF Aviācijas nodaļā, gaidot turpmākos rīkojumus. Padomju Savienības aviācijas speciālistus interesē lidmašīnas I-15a, I-16b un I-16, kā arī I-17 un I-18, tiek dots rīkojums sagatavot pa vienai lidmašīnai no katra tipa nosūtīšanai uz Maskavu. Aviokonstruktoram Kārlim Irbītim tiek piedāvāts rakstīt vēstuli vadonim Staļinam, piedāvājot savus pakalpojumus, viņš to neizdara. Tiek arestēti un deportēti vairāki VEF lidotāji.
1941. gadā sākas Otrais pasaules karš, kas, iespējams, paglābj Kārli Irbīti un citus viņa kolēģus no deportācijas.
No inženiera Olafa Damberga atmiņām: “Karš pārsteidza VEF administrāciju nesagatavotu. Nemaz nebija gatavots tāds variants kā evakuācija! Netika evakuēti ne materiāli, ne tehnika, ne tehniskie darbinieki. VEF progresīvie tehniskie darbinieki tika izolēti no iekšējām izmaiņām rūpnīcas politiskajā un sabiedriskajā dzīvē – tas arī izrādījās, ka individuāli evakuējusies pavisam neievērojama daļa tehnisko darbinieku.”
No 3. līdz 7. jūlijam VEF pārņem Vācijas pārstāvji, par direktoru tiek iecelts K. Berets, un VEF turpina darbu kā uzņēmuma “AEG” filiāle. Vācu okupācijas laikā VEF ražošana pilnībā tiek pakārtota kara vajadzībām. Arī vācu aviācijas speciālisti novērtē VEF lidmašīnas un pārņem visus gatavos lidaparātus savā rīcībā.
No visiem radiouztvērēju modeļiem visilgāk, apmēram līdz 1943. gada vidum, tiek ražoti trīs modificēti uztvērēju modeļi: “Vefsuper M517”, “Vefsuper B417” un “Vefsuper KB417”.
Slēdz fotoaparāta VEF MINOX darbnīcu, tās telpās iekārto darbinieku ēdnīcu.
Šajā laikā zem darbnīcas grīdas tiek paslēptas fotoaparāta detaļas, kuras tiek atrastas tikai 1993. gadā.
No smalkmehāniķa Edvīna Straujā (strādāja VEF no 1939. gada) atmiņām: “Tā drīz pienāca 1940. gada vasara, un pie mums mainījās valsts vara. Nomainīja arī VEF galveno vadību ar direktoru Vītolu. Pie mums 31. darbnīcā ieradās jaunais direktors no Vissavienības apskatīt Minox ražošanu. Daži izteicās par to: cik vienkārši un pieticīgi ģērbies ir jaunais direktors, kā īsts darbaļaužu pārstāvis. Jā, vienkārši bija gan. Mētelis neizskatīgs, zemas kvalitātes drēbe, slikti uzšūts, pelēcīga žokejcepure un melnas kurpes ar neglītiem purngaliem. Vīrieši smaidīja, sievieši saviebās nepatikā, jo trūka iepriekšējā direktora elegances. Ražošana ritēja tālāk pa jaunam un Minoxam Latvijas vietā tika likts jauns un cits uzraksts, tagad „Made in USSR”. Sākām spiest kvantitāti, jo noiets produkcijai lielajā PSRS tagad rādījās pasakains. Visiem bija iespēja racionalizēt, ierosināt un izmainīt, lai būtu ātrāk, lētāk, vairāk. Neatzina vairs iepriekšējā laika centienus grupēt izlaidi pēc skalas: „ļoti labs”, „labs”, „var iet”, ko ieveda iepriekšējā 1939. gadā. Pieņēma izpratni, ja var iet, tad kādēļ censties pēc laba vai ļoti laba, jo pircēju jau netrūks. Dodiet tik šurp pēc iespējas vairāk un ātrāk. Tad sākās nu Minox ražošana ar zemākām prasībām. Tā pienāca 1941. gada vasara. Atkal mainās valsts vara. Strādāju trešo gadu VEF, un man jau ir trešā valdība. Nāk arī trešais direktors. Šoreiz tad ir no Lielvācijas. Trešais direktors saucas Betriebskommissar Herr Beretz ar savu palīgu Betribsingenieur Herr Dahlmann. Jaunais VEF rīkotājs stādījās priekšā, sapulcējot visu fabrikas kolektīvu kādā lielā telpā. Cik atceros, man likās, kas tas bija 10. korpusa kādā tukšā stāvā. Bija uzstādīta runātāja pulte. Tajā uzkāpa cienījama izskata iesirms vīrs un nolasīja lauzītā latviešu valodā iepriekš sagatavotu runu. Klausījāmies ar smīnu, bet saprast varēja visu, arī to, ka viņš tagad mums visu rīkos un pavēlēs. Tā arī bija. Pazuda mūsu emblēma VEF, jo tagad mēs strādājām zem Lielvācijas koncerna AEG pakļautības. VEF jaunais nosaukums bija AEG – Fri. Vācieši parastā sarunu valodā VEF vietā lietoja nosaukumu AEG – Ostlandwerk.
Tā mēs kļuvām par firmas AEG – Am Treptower Park filiāli, un mūsu visaugstākie pavēlnieki dzīvoja Berlīnē.”
No smalkmehāniķa Jāņa Smalkā (strādāja VEF no 1937. gada) atmiņām: “Strādājot par 3. gada mācekli, vēl 2 reizes tiku aizlienēts uz darbnīcu Nr. 31, kur izgatavoja „Minoks”. Šeit izdarīju iefrēzējumus korpusā un presēju caurspīdīgus filmiņu ieliekamos. (Meistars Veiss) Savu diplomdarbu (zelstiķi) – lauku artilērijas mērķierīci - izgatavoju atkal 32. darbnīcā 1941. gada pavasarī. 1939. un 1940. gada ziemā strādāju pie somu armijas pasūtījuma (snaiperu ierīces binoklim un eļļas kompasi). Tad jau patstāvīgi izgatavoju darbu pēc rasējumiem. Tālāk ar 1941. gada otro pusi lielāko tiesu bija vācu armijas pasūtījumi (kā lidmašīnu „Stukas” kaucošās iekārtas un tanku radio aparatūras „Kül” atlabošana (darbnīca 28). Tā kā pēc veselības biju atbrīvots no dienesta leģionā, tā varēju tikt neiesaukts armijā līdz 1944. gada augustam. Tad VEF daži cehi tika pārvietoti uz Poliju (Toruņas pilsētu). Tā arī beidzās manas darba gaitas VEF.”
No VEF Konstruktoru biroja vadošā inženiera Artūra Spinča (strādāja VEF no 1940. gada) atmiņām: “Visspilgtāk atmiņā palicis VEF sporta dzīves traģiskais notikums 1942. gadā. Rūpnīcas sporta laukumā (tagadējās Kultūras pils teritorijā) ziemas periodā bija savesta munīcija (granātas, bumbas). Pavasarī sportisti organizēja svētdienas talku stadiona atbrīvošanai no munīcijas, lai stadionu varētu izmantot sporta nodarbībām. Pasākums bija saskaņots ar vācu armijas pārstāvjiem, piedalījās viņu pārstāvis. Bumbas krāvām automašīnās (metām kā akmeņus), vedām uz Čiekurkalna staciju, krāvām vagonos un izveda no Rīgas. Vakarpusē Čiekurkalna stacijā notika sprādziens. Vēlāk noskaidrojās, ka, padodot mašīnu atpakaļgaitā, pie vagona durvīm no automašīnas kravas kastes izkrita viena granāta, kas, atsitoties pret zemi, sprāga. Vagona durvīs stāvošie futbolisti Peiča, Rozītis un Boka tika nogalināti, smagi ievainoja Bruno Rasu un vēl dažus. Pēc nedēļas savus biedrus guldījām Meža kapos kopējā kapā. Izvadīšanā piedalījās vairāki simti vefiešu un rīdzinieku. Šī bēdīgā epizode rāda, ar kādu entuziasmu un azartu sportisti vēlējās atgriezt savu stadionu sportošanai, neskatoties uz visai smago 10 stundu darba dienu rūpnīcā okupācijas apstākļos.”
1941. gada rudenī aviokonstruktorus Kārli Irbīti, Jāni Rudzīti un K. Miķelsonu pārceļ uz tikko izveidoto Hugo Heines firmas Rīgas nodaļu, no bijušajiem VEF darbiniekiem tiek izveidots konstruktoru birojs, Kārli Irbīti ieceļ par tā vadītāju. 1942. gada rudenī konstruktoru biroju pārņem firma “Espenlaub”, jāstrādā ar firmu “Junkers” un “Messershmit” pasūtījumiem. 1944. gadā Kārlis Irbītis kopā ar sievu dodas uz Vāciju, kur strādā “Messershmit” izmēģinājumu centrā Bavārijā. 1944. gada vasaras sākumā Irbīšu ģimene uz neilgu laiku atbrauc uz Latviju, taču jau jūlijā atgriežas Vācijā.
1944. gada vasarā uzsāk mēriekārtu, darba rīku, ierīču, rasējumu un pusgatavās produkcijas izvešanu uz Vāciju.
12. oktobrī visā Rīgā spridzina svarīgākos objektus un komunikācijas. Vācu armija VEF saspridzina katlu māju un visas smagās darba mašīnas, kuras nevar izvest.